Edificata sulle rovine della chiesa o cappella del consolato fiorentino, dedicata a San Giovanni, la chiesa di Santa Barbara era nota originariamente come San Giovanni di Serisso, in quanto ubicata vicino l’omonima Porta sul fronte meridionale delle mura che circondavano la città. Venne edificata dal nobile trapanese Isso Riccio nel XV secolo. In seguito fu affidata alla compagnia dei bombardieri che le diedero il nome di santa Barbara, loro protettrice.

Vi era custodito il beneficio di San Giuliano lucchisio o lo vecchio, trasportatovi nel 1646 con erezione di un altare a seguito della sconsacrazione di un’antica chiesa dedicata a San Giuliano, a causa delle condizioni fatiscenti in cui versava. In seguito vi ebbe sede la Congregazione della Penitenza sotto titolo di Gesù e Maria. Da una relazione del mastro muratore Ignazio Marrone risulta che la chiesa era in pessime condizioni già nell’anno 1757. Gli ultimi documenti di riferimento risalgono all’anno 1877. Un appunto manoscritto del Vescovo Francesco Maria Raiti datato 23 novembre 1916 riporta che la chiesa era ancora in tale data aperta al culto. Oggi sia l’edificio sia il tratto di mura a cui esso era adiacente non esistono più. Una giuliana datata 1858 e redatta dai confratelli della Congregazione della Penitenza è l’unico documento che ci descrive i paramenti sacri, i giogali e gli arredi della chiesa. Già dalla seconda metà del XVIII secolo essa aveva mutato il nome in chiesa di Gesù e Maria dall’omonimo titolo della Congregazione che ne aveva assunto la cura e vi aveva posto la propria sede.

Il culto verso santa Barbara, molto antico e diffuso sia in Oriente che in Occidente, ha prodotto molte redazioni in greco e traduzioni latine della sua passio; narrazioni spesso leggendarie, il cui valore storico è molto scarso, che hanno arricchito con particolari fantastici, a volte anche irreali, la vita della martire: si tratta di particolari che hanno avuto un influsso sia sul culto sia sull’iconografia, non solo nei manufatti artistici ma anche nelle miniature e nelle incisioni degli antichi testi manoscritti e a stampa, come mostrato nell’approfondimento Santa Barbara una martire di carta.