Tercer hijo de Luigi Scalabrini y Colomba Trombetta, tuvo tres hermanos y otras tantas hermanas.

De 1851 a 1857 cursó estudios clásicos en el Ginnasio Liceo “A. Volta” de Como. En los años 1859-1860 en el Colegio ‘Gallio’ ocupó el cargo de Prefecto, en compañía de Luigi Guanella, tres años menor que él, ya santo.

Después del bachillerato abordó los estudios filosóficos en el Seminario de S. Abbondio (del que fue rector a partir de 1867) y los teológicos en el Seminario Mayor de Como. Fue ordenado diácono el 20 de septiembre de 1862 y sacerdote el 30 de mayo de 1863, a la edad de 24 años.

Profesor en dicho seminario, ocupó allí el cargo de vicerrector y luego de rector entre 1868 y 1870. De esos años data su gran amistad, que iba a ocupar un lugar importante en la vida y la obra de ambos con el obispo Geremia Bonomelli. Este último, entonces preboste en Lovere, había sido invitado a predicar un curso de ejercicios espirituales en el Seminario de Como.

El 12 de mayo de 1870, Scalabrini fue nombrado párroco prior de San Bartolomeo en Como, donde desarrolló su actividad pastoral, elaborando y publicando posteriormente El catecismo católico y el Piccolo catechismo per gli asili d’infanzia (1875).

Fue elegido obispo de Piacenza por el papa Pío IX a la edad de 36 años, consagrado en Roma el 30 de enero de 1876; el 13 de febrero del mismo año tomó posesión de la diócesis.

Por el nombramiento “… la alegría del pueblo de Piacenza fue grande, no tanto por tener tan pronto un obispo, cuanto por tener como obispo a monseñor Scalabrini, cuya fama, sobre todo después de la publicación de las Conferencias sobre el Concilio Vaticano, había sobrepasado ya los límites de la diócesis de S. Abondio”.

He aquí cómo el mismo Scalabrini, veintiocho años después, narra la noticia de su nombramiento episcopal a un redactor del periódico turinés ‘La Stampa’:” Yo era entonces prior de San Bartolomé de Como, y una mañana estaba en mi iglesia, cuando vi entrar a un canónigo desconocido (el canónigo D. Davide Celli, de la Catedral), que se acercó a mí con grandes muestras de obsequiosidad. Le pregunté si quería decir misa, pero me respondió que ya la había dicho y que venía a presentar sus respetos a su obispo, es decir, a mí, que había sido nombrado obispo de Piacenza. Caí de las nubes y no quise creer el anuncio, es más, le rogué que viniera a refrescarse a mi casa, pero que se marchara inmediatamente, porque no quería que se extendiera aquel sorprendente rumor. Así lo hizo, pero ese mismo día recibí una carta de Roma con la noticia oficial del nombramiento”.

Murió el 1 de junio de 1905 en Piacenza. En ese año, se construyó para él el monumento de mármol situado en el transepto derecho de la catedral, obra de Alessandro Monti para la parte arquitectónica y de Annibale Monti para la figurativa.  En la parte inferior, un arca de mármol tiene en el frente un bajorrelieve que representa el viaje del obispo a América, entre emigrantes. En los extremos, dentro de hornacinas, hay dos figuras femeninas; en la parte superior, el zócalo sobre el techo sostiene el busto-retrato del santo obispo. Como telón de fondo del monumento, un elemento arquitectónico definido por pequeñas columnas sostiene el entablamento con un tímpano triangular en cuyo centro destaca el escudo del prelado.

El 9 de noviembre de 1997 el Papa Juan Pablo II proclamó beato al Siervo de Dios Mons. Juan Bautista Scalabrini, y el 9 de octubre de 2022 el Papa Francisco lo proclamó santo.