L’insediamento dei Francescani Conventuali a Ortona risale alla prima metà del XIII secolo ed è ampiamente documentato da atti notarili e fonti antiche, che attestano la sua posizione al centro della città e la sua struttura composta di ampio chiostro con colonnato e cisterna.

La Chiesa di San Francesco annessa al convento dei frati conventuali di Ortona era una delle più antiche chiese della città, essendo stata edificata poco prima della metà del XIII secolo.

Citata in un atto notarile del 1440 regestato dallo storico Anton Ludovico Antinori, subì varie modifiche architettoniche nel corso dei secoli, quando a un iniziale impianto di matrice romanica si sostituì una completa ricostruzione cinquecentesca promossa per limitare i danni causati dall’incursione turca.

Secondo la testimonianza dello storico ortonese Giovanni Bonanni, che ritiene la chiesa di San Francesco inizialmente dedicata alla Vergine come avvalorato anche da Recchini nel 1909 e da Cattineau nel 1939 in merito al toponimo presente nei documenti medievali degli ordini benedettini che riferisce dell’esistenza di una Ecclesia Sanctae Mariae ad Basilicam, sul finire dell’Ottocento conservava ancora qualche elemento originale del primo assetto gotico, compresa una scultura di XIV secolo collocata all’interno, sulla destra della porta d’ingresso, raffigurante un leone giacente, scolpito in pietra e che sostiene sul dorso una piccola colonna su cui si innesta l’ansa dell’acqua benedetta.

All’interno della chiesa, nel 1751, operava la Venerabile Confraternita di Santa Maria della Neve.

Nel corso dei secoli la chiesa fu utilizzata anche in particolare circostanze legate alla storia civile della città e, in almeno due casi, fu sede di riunione dell’assemblea cittadina chiamata a decidere su questioni di fondamentale importanza per la città, mentre il 5 e 6 maggio 1879 vi si svolsero i lavori del primo Congresso Cattolico Regionale.

I rimaneggiamenti accorsi alla chiesa del complesso conventuale avevano portato, in facciata, all’adozione di uno stile neoclassico, pur nella conservazione di alcune monofore dell’originaria struttura citate da Rapino nel 1928.

L’intero complesso conventuale fu danneggiato dagli eventi bellici degli anni 1943-1944: dell’antico convento resta attualmente solo la torre campanaria, inglobata nell’antico Palazzo De Benedictis, che conserva le caratteristiche originarie del campanile duecentesco a forma quadrata, mentre i quattro finestroni attualmente risultano murati.

Gli eventi bellici degli anni 1943-1944 danneggiarono gravemente anche la chiesa – in particolar modo nella parte posteriore rivolta verso Piazza Risorgimento – i suoi arredi interni e le opere d’arte contenute, tutte andate distrutte ad eccezione di due dipinti cinquecenteschi raffiguranti La deposizione e L’adorazione dei pastori, attualmente conservati presso il Museo Diocesano di Ortona. I bombardamenti causarono la perdita, tra e altre, di opere di Tommaso Alessandrino e di Giovan Battista Spinelli, artisti documentati dai dipinti conservati presso il Museo Diocesano di Ortona.

In seguito, nel corso degli anni Cinquanta, su parte dell’area presbiteriale dell’antica chiesa di San Francesco fu costruito un nuovo edificio religioso con la stessa dedicazione.