I convocati capitolari dei primi anni del XIX secolo riportano con frequenza e con dovizia di particolari la movimentata e delicata situazione del momento. Già negli ultimi anni del Settecento, quando il Piemonte era ancora sotto il dominio del Regno sabaudo, si verificarono le prime soppressioni e le prime vendite degli oggetti di proprietà religiosa al fine di sostenere le casse statali. Con l’instaurazione del governo napoleonico la situazione si amplificò ulteriormente tanto che in Cattedrale si registrò l’abolizione di tutti gli stemmi e tutte le armi gentilizie (compreso quello vescovile in sostituzione del quale i canonici affissero un’immagine del Santo Patrono), l’abbattimento della tribuna e lo spostamento di diversi altari. Sebbene il Capitolo non fu mai soppresso, la Cattedrale subì in una certa misura gli effetti delle soppressioni operate nei confronti degli ordini religiosi, dei conventi e delle chiese conventuali della città e del territorio dalle quali furono trasportate opere d’arte, suppellettili e altari. Dal Santuario Madonna di Crea, ad esempio, provengono i paramenti che secondo la tradizione furono donati da Papa Pio V (di origine alessandrina) e il pregevole piede reliquiario di Santa Margherita d’Antiochia attualmente conservati ed esposti presso il Museo del Duomo, mentre si sono perse le tracce del raffinatissimo reliquiario della Santa Croce a forma di “pace” in lamina d’argento con bassorilievi. Alla soppressa collegiata di Santa Maria di Piazza apparteneva, invece, il dipinto opera di Giorgio Alberini raffigurante la Madonna con il Bambino, San Bernardino da Siena e San Carlo.

Tre degli altari marmorei ancora oggi collocati presso le cappelle laterali della Cattedrale provenivano dalla soppressa chiesa conventuale della Maddalena: il primo, posto nella prima cappella laterale di destra, consiste nel grande altare in marmi policromi contenente il pregevole gruppo scultoreo raffigurante l’Estasi di Maria Maddalena e anticamente posto sull’altare maggiore dell’omonima chiesa conventuale. Gli altri due furono invece collocati nella cappella di Sant’Agata e in quella di San Lorenzo. Per quest’ultimo si dovette procedere alla commissione di un nuovo quadro che rispondesse al nuovo spazio previsto per la pala d’altare.

Oltre a una grande movimentazione di opere, le soppressioni provocarono anche un forte spostamento di persone. Da una parte, infatti, furono molti i religiosi che dovettero lasciare i propri conventi, dall’altra i documenti testimoniano come i canonici dovettero comprare due nuovi confessionali «per soddisfare le esigenze della popolazione che si riversava in Cattedrale dal momento che molte chiese sono state chiuse».