La chiesa di San Filippo Neri costituisce una vera e propria pinacoteca ricca di tele di grande pregio artistico. Tra le opere più significative, tutt’ora custodite nella chiesa, ci sono quelle comprese nel ciclo pittorico sulla vita e sui miracoli del santo titolare secondo episodi e modelli iconografici voluti dall’Ordine e diffusi dalla metà del Seicento tramite le stampe di Luca Ciamberlano. Il ciclo pittorico è costituito da otto grandi dipinti centinati e quattro piccoli ovali, tutti disposti sulle pareti dei bracci entro cornici architettoniche, commissionati tra l’ultimo quarto del XVII secolo e il primo quarto del XVIII secolo ad importanti artisti dell’epoca, come Giovanni Peruzzini, autore tra le altre anche del grande quadro posto sopra l’altare maggiore raffigurante l’Immacolata Concezione con la Trinità, Federico Bianchi e il lombardo Andrea Porta. I dipinti furono pagati dai Padri dell’Oratorio con il fondamentale contributo di nobili famiglie casalesi, come testimoniato dagli stemmi riportati su alcune tele. Sono degne di nota in particolare: le due opere di Giovanni Peruzzini che raffigurano San Filippo e due Domenicani e San Filippo resuscita Paolo Massimo, l’Incontro tra S. Filippo e San Carlo Borromeo di Federico Bianchi e l’episodio di San Filippo caduto in una buca e salvato da un angelo di Andrea Porta. Nei due bracci trasversali della chiesa sono, invece, inseriti i due altari laterali: a sinistra quello dedicato a San Filippo, costruito a spese del duca Massimiliano di Baviera, completato con il dipinto attribuito al pittore Francesco Martinotti che raffigura l’Apparizione della Vergine col Bambino al santo e, più in alto, da una piccola tela con San Girolamo. Su questo altare, dietro al dipinto principale, erano conservati – presumibilmente in una apposita nicchia – i preziosi reliquiari di manifattura tedesca portati nel 1626 da Padre Giacinto Natta, insieme ad altre pregevoli oreficerie, all’erigenda chiesa di San Filippo Neri come omaggio da parte di Massimiliano I duca di Baviera e di altri illustri regnanti ed ecclesiastici dell’epoca. A destra, l’altare dedicato a San Carlo conserva il dipinto di Federico Bianchi della Madonna col Bambino tra San Giovanni Battista e San Carlo Borromeo. In questa cappella sono inoltre da segnalare, al di fuori del ciclo ricordato, la copia di un dipinto di Guglielmo Caccia detto il Moncalvo con San Michele Arcangelo che combatte contro Satana, e una tela di Giorgio Alberini del 1622 che raffigura San Carlo Borromeo che intercede per gli appestati.