Nello stesso anno, considerate le varie problematiche riscontrate sul piano urbanistico per la terza area designata e vista l’utilizzabilità di alcuni immobili industriali dismessi all’interno della circoscrizione parrocchiale, la diocesi intraprende una politica completamente differente rispetto all’iter avviato con il comune, strutturando un progetto di rifunzionalizzazione in chiesa parrocchiale di un edificio produttivo non più utilizzato. Nonostante i contatti avviati su diversi livelli per la realizzazione di tale programma, anche questa soluzione progettuale viene accantonata a causa della mancata disponibilità dell’unico fabbricato (dalle dimensioni notevoli, circa 25.000mq) che era stato individuato. Così, su nuovo impulso della curia diocesana, l’amministrazione comunale attiva le procedure per la modifica degli indici urbanistici dell’area segnalata nel 2011 rendendo così fattibile la progettazione ex novo del complesso parrocchiale.

L’idea progettuale, formulata dallo studio associato Caturegli e Co con la diretta collaborazione del vescovo architetto Giusti, è presentata alla comunità e al comune a novembre del 2013, per poi essere approvata dalla Commissione edilizia comunale a febbraio 2014. Il 28 marzo 2014 è celebrata la posa della prima pietra. La pergamena a ricordo della cerimonia, firmata dal vescovo, dal vicario della diocesi mons. Ivano Costa, dal parroco pro tempore, dal sindaco dott. Alessandro Cosimi, è stata inserita in un dado marmoreo e deposta – unitamente alla prima pietra – nel punto in cui è collocato oggi l’altare.

L’area di sedime del nuovo complesso, un lotto di terreno di circa 6000 mq, è trasferito alla parrocchia da privati con atto di donazione trascritto il 23 luglio 2014.

Il Comitato per l’edilizia di culto della CEI (oggi Comitato per la valutazione dei progetti di intervento a favore dei beni culturali ecclesiastici e dell’edilizia di culto), pur apprezzando la proposta architettonica nel suo complesso, a settembre 2014 sospende il rilascio del nullaosta per aspetti sostanziali rispetto alla progettazione generale (elementi distributivi opere parrocchiali, morfologia e collocazione poli liturgici, altro). L’autorizzazione del Comitato della CEI perviene a giugno 2015 e il 14 ottobre dello stesso anno è avviato il cantiere sotto la direzione del geom. Stefano Caturegli e dell’ing. Marco Canonici, che facevano parte dell’equipe di progettazione. Le opere edili sono consegnate alla ditta pisana Bottai Group SRL, la realizzazione dell’impianto elettrico e termoidraulico è affidata rispettivamente alle società Elettroimpianti Manrico Cristianini e Officina dei fratelli Niccolini mentre l’esecuzione e posa in opera degli infissi è appaltata alla società B.N.V. srl.

Una tappa importante per la comunità, testimoniata da un pellegrinaggio a Roma, è stata il rito di canonizzazione della Beata di Calcutta – già titolare della parrocchia – celebrato da papa Francesco il 4 settembre 2016.

L’1 maggio 2017, nell’edificio di culto ancora a rustico, viene concelebrata la prima messa dal vescovo e dal parroco don Bamana con la partecipazione degli operai e di una parte di comunità. La celebrazione, nella solennità di San Giuseppe Operaio, è considerata dall’ordinario della diocesi come un richiamo pastorale al diritto e dignità del lavoro per l’intero territorio diocesano (dall’omelia del presule: « […] Celebrare qui, con le persone che stanno lavorando a quest’opera, vuole essere un segno, un simbolo di vicinanza, ma anche uno sprone perché si inizino a breve nuove opere come la Darsena Europa, si riaprano i bacini di carenaggio, si proceda alla costruzione o alla ristrutturazione dell’ospedale […]»).

Tra giugno e luglio 2017 vengono sottoscritti gli incarichi di progettazione ed esecuzione delle opere d’arte con lo studio d’arte Paolo Grigò e la ditta Idealmarmo SNC (altare, ambone, sede) e la società Tocchi di colore SNC (le vetrate).
I lavori sono ultimati il 12 marzo del 2019 per la chiesa e il fabbricato contiguo destinato a locali di ministero pastorale e casa canonica. Mancano ancora le opere esterne facenti parte del masterplan generale del complesso quali il sagrato, l’area destinata a parcheggio e le attrezzature sportive con i campi da gioco.

Come già anticipato la chiesa è stata aperta canonicamente al culto con il rito di dedicazione celebrato la quinta domenica di Quaresima, il 7 aprile 2019.
Questa data non segna però la conclusione del processo costruttivo che, oltre alle sistemazioni esterne, prevede il completamento del progetto artistico della chiesa (realizzazione di un fonte battesimale fisso e di altre opere iconografiche, la messa a dimora dell’organo) e la realizzazione di un luogo per l’adorazione perpetua nella cappella posizionata sull’ultimo livello delle opere parrocchiali.