La struttura dedicata alla Maddalena e destinata alla redenzione delle meretrici, sorse per iniziativa del francescano Giacomo da Gubbio insieme con altre strutture assistenziali femminili, nel cosiddetto Quartiere di mezzo, zona di espansione a nord est della città, oltre l’antica cerchia di mura di epoca pre-aragonese.  L’edificio che ospitava l’antico monastero era attiguo alla chiesetta di Santa Margherita in via Orfane e originariamente aggregato a quello della Ss. Trinità detto della Badia Grande. Nel 1579 le due comunità religiose si separarono accordandosi per la divisione delle rispettive rendite. In un documento viene specificato che la struttura non era più sufficiente ad ospitare la comunità di laiche e religiose in quanto non si poteva allargare «per havere per confine dalla parte di levante e mezzogiorno due strade pubbliche e dalla parte di ponente e tramontana l’officine del convento di San Domenico e la venerabile chiesa della compagnia del SS.mo Rosario». Vi erano ospitate donne che non volevano più vivere in condizione di peccato, fanciulle vergini in attesa di matrimonio, vedove, donne che vi cercavano rifugio per vari motivi e che in molti casi sceglievano di prendere i voti.

Era noto col nome di monastero delle Convertite o delle Repentite e ascritto alla regola del Terz’ordine francescano.

Il Conservatorio, a causa della ristrettezza dei locali e della loro insalubrità, venne abbandonato nel 1701 e l’opera pia si trasferì nell’antico monastero di Santa Chiara, i cui locali e chiesa si erano resi disponibili per il trasferimento delle suore Clarisse presso le consorelle del monastero di Santa Elisabetta.