Gli studi degli ultimi decenni hanno dimostrato l’inattendibilità, dal punto di vista storico, della denominazione con il quale veniva tramandano il titolo dell’antico luogo di culto basiliano, tradizionalmente indicato dalle fonti del XVI secolo come chiesa dei S.S. Legonziano e Domiziano.

Negli spazi sottostanti il Santuario del Miracolo Eucaristico-chiesa di San Francesco, al livello della piazza del Plebiscito, i lavori di recupero condotti alla fine del XX secolo su alcuni locali, già adibiti ad attività commerciali, hanno reso possibile riportare alla luce una vasta aula coperta a botte con conci di pietra, databili alla fase medievale (XI-XII secolo), all’epoca dell’insediamento dei Benedettini, preesistente a quello dei Francescani, del 1252, identificabile con la chiesa, storicamente documentata dal Rogationum Offitium Terrae Lanzani, manoscritto su pergamena del XIV, secolo, dedicata a San Longino della quale restano anche alcuni frammenti di affreschi raffiguranti Sant’Antonio Abate e San Giovanni Battista e la testa di una Madonna, che faceva parte di una Crocifissione oggi perduta.

Alla fine del ‘700 in questo stesso sito fu recuperata una vasca romana che recava l’iscrizione QVINTVS CASSIVS LONGINVS SVA P. FECIT.  Questo ritrovamento ispirò la scrittrice inglese Stella Traynor Moratvska, a pubblicare a Gerusalemme, presso la Printing Press dei Frati Francescani che hanno la cura del Santo Sepolcro, “The Story of Longinus” (La storia di Longino) un lungo racconto che sosteneva che Cassio Longino, il soldato che trafisse il costata di Cristo e ne riconobbe la natura divina,  non era originario della  Cappadocia come tramandato ma apparteneva ad una nobile famiglia di Anxanum, nome latino di Lanciano, e che qui sarebbe stato martirizzato da sicari inviati dall’Imperatore e sarebbe iniziata la sua venerazione. I ritrovamenti archeologici nel complesso hanno confermato sia la presenza di una cisterna di epoca romana sia l’esistenza di un antico luogo di culto dedicato al Santo.

Sulla parete destra si apre un accesso nelle fondazioni della chiesa settecentesca dove, in alto, è visibile un affresco del XIV secolo raffigurante la Crocifissione e dal quale è possibile accedere ad un ambiente che conserva le tracce archeologiche di una cisterna romana.

A sinistra, invece, si accede alla vasta aula quadrangolare, un tempo sede della Confraternita dei Raccomandati, sottostante l’antica sagrestia di San Francesco, affrescata tra la fine del XV e gli inizi del secolo XVI con Scene dell’Apocalisse che sono state recuperate con un paziente lavoro di restauro dal 1990 al 2000.