Nel 1850 il Cardinale Giuseppe Pecci, vescovo di Gubbio,  rivolse istanza al Sommo Pontefice Pio IX perché la Parrocchia di San Secondo venisse smembrata e conseguentemente eretta parrocchia la Chiesa della Madonna del Ponte ove era disponibile la chiesa e la canonica. Il 12 ottobre dello stesso anno S.S. Pio IX  autorizzava quanto richiesto dal Vescovo; ma per problemi legati alla difficoltà della manutenzione del parroco e le successive vicende politiche  legate alla fine del potere temporale e all’unità d’Italia, l’erezione a parrocchia della Madonna del Ponte non ebbe luogo.

In questi ultimi decenni la popolosa località della Madonna del Ponte, sviluppatasi con insediamenti urbani e sede anche di notevoli attività artigianali, industriali e commerciali, è stata eretta parrocchia dal vescovo Mons. Ennio Antonelli con decreto del 17/12/1982 con trasferimento del titolo parrocchiale di San Giovanni Battista di Petazzano.

La chiesa della Madonna del Ponte rappresenta uno dei monumenti più interessanti del periodo rinascimentale a Gubbio. Ubicata all’incrocio tra due strade importanti: la Pian d’Assino, che porta verso l’alta Umbria e la Contessa che collega con le Marche, è sorta a pochi metri dalla chiesa e dall’antico Monastero benedettino di San Donato.

Per la sua posizione è stata spesso testimone di importanti avvenimenti della vita cittadina, in particolare come primo approccio alla città da chi proveniva da Urbino.

Non è facile scrivere la storia di un edificio in assenza di una documentazione che supporti quanto viene narrato. Le poche notizie sono tratte da un manoscritto dell’archivio di San Secondo. “Notizie costituzioni e regolamento riferibili alla Chiesa e Confraternita della Madonna del Ponte di San Donato, con decreto di approvazione 18 aprile 1839”. Di questo bell’edificio sappiamo solo che fu ultimato al tempo, o poco dopo, della Bolla del Pontefice Sisto V, data dal Vaticano nell’anno 1585. Così almeno affermano, nel citato manoscritto, i Deputati della Confraternita che avevano avuto l’incarico di rintracciare memorie sulla “Venerabile chiesa, denominata della Madonna del Ponte”. All’epoca esisteva ancora un registro di cassa del periodo 1584-1589 da cui si potevano rilevare alcune spese per la fabbrica della chiesa e della casa annessa. La costruzione del tempio fu resa possibile dalle generose offerte dei fedeli raccolte dalla Confraternita della Beata Vergine, detta del Ponte di San Donato.

Molti furono i benefici concessi a questa chiesa; quello maggiormente ricordato è l’indulgenza delle stazioni delle chiese di Roma concessa dal papa Gregorio XIII in data 4 giugno 1573.

Ignoto è il nome del progettista del complesso che comprende la chiesa, il porticato e gli ambienti del piano superiore, che testimoniano il gusto dell’epoca.

L’edificio fu innalzato, con licenza del Vescovo, nel 1570, in modo da inserirvi parte del preesistente tempietto o maestà da cui fu prelevata e trasferita a massello l’immagine della Vergine posta sull’altare maggiore, “da molto tempo indietro ivi tenuta in somma venerazione”. Nel 1571 fu concesso il permesso di erigere il campanile della chiesa (Mariano Savelli Vescovo: per la presente concedemmo licentia a Fraternali della Madonna del Ponte di San Donato di erigere un campanile nella chiesa.. data dalla nostra solita abitatione in Augubbio. A XXV di giugno 1571. ADG 19/1B,61)

Si tratta di un edificio a croce greca  dominato da una cupola ottagona, senza lanterna,  in mattoni con angoli in pietra “palombina”. Su quattro pareti della cupola si aprono delle finestre rettangolari.

Tutta la facciata ed il porticato sono costruiti in conci regolari di pietra calcarea bianca, con le modanature e stipiti in “palombino” che conferiscono all’insieme un aspetto gradevole e caldo per il colore della pietra.

Di particolare pregio l’ingresso, il cui portone, impreziosito da un eccellente lavoro di intaglio con il bel festone di vegetali che orna l’intero sviluppo, di gusto prettamente rinascimentale e quindi coevo alla struttura, è da considerare uno dei più belli della nostra città.

La targa in pietra palombina sul lato esterno destro dell’ingresso ricorda l’indulgenza delle stazioni delle chiese di Roma concessa, in data 4 giugno 1573, in perpetuo dal Pontefice Gregorio XIII, su sollecitazione del Cardinale Giulio Della Rovere d’Urbino, vescovo di Palestrina. Le indulgenze lucrate  da chi visita la chiesa della Madonna del Ponte di San Donato, sono le stesse per chi visita le chiese delle stazioni quaresimali di Roma.