Papa Sisto V, che a Roma attuava il rinnovamento dell’Urbe voluto per il grande Giubileo del 1475, a Viterbo promuove i lavori di opere significative come la costruzione del Santuario di S. Maria della Quercia. La realizzazione del grande cantiere era stata decretata da Paolo II nel 1467, sarà proseguita da Sisto V e godrà dell’attenzione dei pontefici successivi: da Giulio II a Leone X, a Paolo III che avranno al loro seguito architetti come Bramante, Giuliano da Sangallo, Antonio da Sangallo il vecchio e Antonio da Sangallo il giovane.

Il Giubileo del 1500 vede già il cantiere del grande santuario concluso dalla fine del XV secolo, a questo periodo probabilmente risale l’affresco raffigurante la Madonna in trono col Bambino di Carolino da Viterbo.

Del 1490 è anche l’Altare di S. Maria della Quercia documentato come opera dell’architetto-scultore lombardo Andrea Bregno con il massiccio intervento di aiuti di bottega. Elaborato e complesso nella sua minuta e carica ornamentazione e con l’aggiunta di un lunettone che include il timpano. Ha in comune con le altre due opere di fronte all’altare lo schema architettonico generale, con il doppio ordine di nicchie (le inferiori con conchiglia diritta, le superiori rovesciata) ai lati dell’arcata centrale che incornicia la venerata immagine della Madonna e pedrella ornata e istoriata.

Al giugno del 1500 risale il pagamento al maestro Lodovico Galluzzi intagliatore per un quadro del palco dello splendido soffitto a cassettoni della navata centrale. La grandezza, la preziosità e la ricchezza ne fanno sicuramente uno dei più belli d’Italia. Il palco, realizzato qualche anno dopo da Antonio e Giovanni Battista da Sangallo  e concluso nel 1538, è formato da 33 lacunari di legno (castagno e pioppo), trenta hanno al centro un rosone contornato da cornici fogliami e altri ornati, sovrapposti a formare un tronco di piramide rovesciato. Gli altri tre, posti sulla linea mediana, presentano l’Immagine della Vergine della Quercia e gli stemmi di papa Paolo III Farnese e del Comune di Viterbo.

Nel suo primo anno di pontificato, in occasione del Giubileo del 1550, papa Giulio III, concede un privilegio al santuario: tutti coloro che visiteranno la chiesa il 14 settembre, riceveranno le stesse indulgenze che si possono ottenere visitando le quattro basiliche romane. Erano proseguite, in questi anni, le grandi opere intorno al santuario: Paolo III, per collegare direttamente Viterbo alla Quercia, nel 1539 aveva dato il via ai lavori per realizzare il grande viale, dotato di un’alberata di olmi e di una fontana a metà percorso (che sarà conclusa nel 1541). Voluti per rendere più agevole il cammino verso il Tempio.

Agli anni intorno al Giubileo del 1575 risalgono gli affreschi di Michele Tosini sulla retrofacciata dell’Altare che raffigurano S. Antonino, il Cavaliere viterbese reso invisibile dalla Madonna  e S. Caterina da Siena datati 1570.

Il Giubileo del 1600 vede già completato dal 1599 il chiostro conventuale  e tutto il complesso monumentale ha già assunto la fisionomia che ancora oggi, per la maggior parte, conserva.

Il pittore Cesare Nebbia affresca i dodici apostoli, nelle vele della navata centrale. Degli stessi anni è il ciclo di affreschi delle 26 lunette del chiostro che, sembra, iniziato nel 1602 proseguirà fino al 1650. Vi sono raffigurati i miracoli della Madonna. Una delle lunette rappresenta il miracolo ricevuto da Giovanni Romano caduto dalla rupe ad Orvieto e rimasto incolume per grazia della Madonna.

Il Giubileo del 1650 è segnato dalla terribile vicenda della distruzione della Città di Castro. Nel dicembre 1649 il priore fra Giovanni Battista Petrucci impetra ed ottiene la campana maggiore del Duomo di Castro. La campana viene collocata nel campanile grande della chiesa d i S. Maria della Quercia.

Il primo Giubileo del XVIII secolo vede la realizzazione della cappella di santa Caterina, sull’altare viene posto il quadro raffigurante lo Sposalizio mistico della Santa, opera di Giovan Bonaventura Borghesi di Città di Castello, datata 1689  e donata alla chiesa da fra Paolo Ottaviani, figlio de convento della Quercia, allora inquisitore a Perugia.

Il Giubileo del 1725 trova già restaurata e rinnovata la sacrestia, tra il 1720 e il 1725 si realizza il nuovo pulpito in chiesa con il Crocifisso intagliato e sull’altare di s. Vincenzo Ferreri è posto il quadro del pittore viterbese Govan Mattia Mari.

Il 1800 vede chiusi a Viterbo molti conventi ad eccezione di quello della Quercia che rimane aperto anche grazie ai cittadini viterbesi che apprezzano la disponibilità di padri domenicani verso la popolazione. Nel 1797 gli stessi cittadini imploravano il rappresentante del governo francese a Viterbo affinché lasciasse aperto il tempio. Nonostante le preghiere dei viterbesi, il convento della Quercia sarà chiuso nel 1810 e acquistato da Luigi Rossi Danelli nel 1813. Restituito ai domenicani nel 1816 viene riaperto al culto.

Il Giubileo del 1825 si pone a cavallo di importanti lavori di restauro e ristrutturazione della chiesa che interessano le lunette del chiostro, gli affreschi e le pitture della chiesa. In questi anni le quasi 300 botteghe poste intorno al convento vengono acquistate dal principe Torlonia. Molti contadini, cacciati dai nuovi padroni, prendono in affitto dal Torlonia le botteghe della piazza, La Quercia comincia ad assumere l’aspetto di villaggio  e la devozione verso la Vergine si rafforza.

Dopo la presa di Roma, lo Stato italiano si impossessa di tutti i beni della Quercia. L’Ordine domenicano nel 1873 lascia alla Quercia soltanto sette frati, per riuscire nel 1874 ad ottenere un decreto reale che dichiara la chiesa e parte del convento Monumento Nazionale. L’intero complesso monumentale viene diviso in due parti: una appartenente al Demanio e dichiarata Monumento Nazionale, l’altra da adibire ad uso pubblico. Viene requisita la Biblioteca conventuale, passano al Demanio manoscritti, pergamene e corali che però restano conservati nella chiesa.

Il Giubileo del 1925 trova la chiesa di S. Maria della Quercia già eretta a Parrocchia, istituita nel 1920 da mons. Emidio Trenta ed inaugurata nel 1923 dopo aver ottenuto il regio assenso.

L’Anno Santo del 1950 è segnato dalla importante Peregrinatio Mariae organizzata l’anno prima dal vescovo di Viterbo di concerto con il parroco della Quercia. La Sacra Icona, per la prima volta dopo 5 secoli, si allontana dalla sua naturale dimora e visita Viterbo e i paesi della Diocesi [foto 12].

A seguito del grande evento la Soprintendenza ai monumenti decide di restaurare la facciata della chiesa, che viene così ancorata al restante fabbricato e molte delle sue brugne in peperino vengono sostituite.