Sul fondo troneggia l’altare disposto al centro dell’abside ed in asse con il sepolcro dov’è deposto il corpo di San Matteo. Dopo i lavori di ristrutturazione settecentesca, l’antico altare fu sostituito da uno massiccio in marmo realizzato da Virginio Ogna, successivamente trasferito nella chiesa dei Salesiani. L’attuale altare maggiore di forma semplice, presenta sul lato frontale un paliotto originario in argento del XIX secolo donato dall’arcivescovo Michelangelo Lupoli e realizzato dall’argentiere napoletano Giovanni Casolla. Nel centro dell’abside sopra sette gradini, è collocata la cattedra di Gregorio VII, rinvenuta durante i lavori di restauro degli anni ‘30. Essa, nella sua linea sobria, presenta due braccioli in marmo aventi, sulla parte anteriore, foggia di zampa e testa leonina. Alzando lo sguardo verso l’emiciclo dell’abside, si osserva il mosaico realizzato nel 1954 dal gruppo dei mosaicisti di Ravenna, rappresentante al centro la Vergine Immacolata in un’aureola di luce, ai lati San Gregorio VII e l’arcivescovo Alfano I, in basso al centro il duca Roberto il Guiscardo, la moglie Sichelgaita e in basso ai lati tutti i Papi della riforma Cattolica che Salerno ospitò per la lotta alle investiture. Al di sotto della schiera dei Papi sono stati riproposti i versi originari in latino, ricavati da fonti storiche, di Alfano I. Oggi su questa parete sono visibili solo i frammenti della testa dell’Angelo di San Matteo, l’aquila di San Giovanni e i resti della cornice sul cui modello è stata ricostruita la restante parte. Nel transetto ci sono diverse tombe di arcivescovi salernitani, posti in antichi sarcofagi o in monumenti funebri moderni; oltre i sepolcri e monumenti funebri vi sono lapidi, (come quella sepolcrale dei canonici di fattura gotica e quella che ricorda la costruzione del porto di Salerno nel 1260) e un arco musivo commissionato dal vicecancelliere normanno del regno Normanno Matteo D’Ajello. Sul lato sinistro del transetto vi è l’abside minore, la c.d. Cappella del SS. Sacramento (o di S. Giovanni). Anch’essa era stata cominciata a essere rivestita di un ricco mosaico nel secolo XIII e poi fu completata per la maggior parte ad affresco nel secolo successivo. Nel catino la scena rappresenta il battesimo di Gesù nel Giordano e alle pareti, nei riquadri laterali, rappresenta La Comunione degli Apostoli e La caduta della Manna, opere del pittore seicentesco Angelo Solimena. Sul lato destro del transetto vi è il secondo abside minore, la c.d. cappella dei Crociati (o di Gregorio VII) così denominato perché vi si benedicevano le armi dei crociati che partivano per liberare la Terra Santa. Fu fatta costruire e rivestire di mosaici nel 1260, dal grande nobile salernitano Giovanni da Procida. Il mosaico rappresenta nella parte alta San Michele Arcangelo, nella parte bassa al centro S. Matteo in trono e nella parte bassa ai lati sono i Santi Lorenzo, Giacomo, Giovanni e Fortunato. Ai piedi di San Matteo, in piccolissime proporzioni, la figura di Giovanni da Procida. Nell’abside vi è un sarcofago romano del I secolo dc, sepolcro del grande Papa Gregorio VII, (nato Ildebrando di Soana) morto a Salerno nel 1085.