Sul lato sinistro del transetto, vi sono strutture, tra cui la Sacrestia, non originarie ma costruite durante l’episcopato di Girolamo Seripando tra il 1554 e il 1563 e continuate con il suo successore. In questo ambiente ricordiamo L’apparizione della Vergine con il Bambino e S. Anna a S. Antonio opera tarda di Mattia Preti, la Cappella del Tesoro accoglie le reliquie dei Santi (consistono nelle reliquie e in cinque statue in argento di S. Matteo, S. Caio, S. Anthes, S. Fortunato e Papa Gregorio VII quest’ultima opera dell’argentiere Giacinto Buonacquisto nel 1742, il Braccio di S. Matteo del 1330 circa, il Reliquiario della Vergine, la Mano di S. Anastasia del 1408, ecc), un prezioso pastorale gotico detto di S. Matteo.