L’interno si presenta come un edificio spoglio ed austero, conseguenza dei lavori eseguiti negli anni, anche a seguito dei terremoti, che hanno cancellato la memoria dei periodi precedenti, e gli ultimi restauri, in particolare quello del 1984, hanno cercato di recuperare. Volgendo lo sguardo alle spalle, cioè all’altezza dell’arco retrostante la porta bronzea, si ammira la bellissima lunetta in mosaico del secolo XIII rappresentante San Matteo benedicente. Al termine della navata, in prossimità del transetto, si inseriscono sul lato sinistro e destro di un coro ligneo, due amboni, rispettivamente quello di Romualdo II Guarna (1180) e quello di Niccolò D’Ajello (1195). Accanto all’ambone maggiore di Niccolò D’Ajello, c’è la colonna del cero pasquale, presso la quale sorgeva l’antica iconostasi, demolita nell’800 e sulla quale probabilmente erano posti i celebri Avori Salernitani. I pavimenti del coro, del presbiterio e del transetto sono anch’essi realizzati con motivi di tessere policrome, eseguiti su ordine dell’arcivescovo Guglielmo da Ravenna, nella prima metà del XII secolo.

Nella navata sinistra vi sono sette cappelle: Fonte battesimale, congrega di San Giuseppe, della famiglia Pinto, della famiglia Lembo o Pentecoste, di Santa Maria degli Angeli o famiglia De Ruggiero, di San Francesco di Paola e del monumento funebre di Margherita di Durazzo. Di queste cappelle degne di nota sono la bellissima statua lignea dipinta di Santa Maria degli Angeli (statua gotica datata fra il 1364 e il 1378), l’interessante monumento funebre della regina di Napoli Margherita di Durazzo attribuito allo scultore Antonio Baboccio da Piperno (costituita da un sarcofago sostenuto da cinque colonnine e da quattro statue rappresentanti la prudenza, la regalità, la fede e la fortezza).

Nella navata di destra vi sono sei cappelle: famiglia Mazza, famiglia De Vicariis, B. Poerio dedicata a S. Anna, della SS. Trinità o delle Reliquie, famiglia Del Pezzo o del SS. Rosario, famiglia Della Calce o Purificazione. Originariamente al posto delle suddette cappelle, realizzate post terremoto del 1688, vi era un lungo corridoio definito terra Santa. Degno di nota sono una crocifissione in stucco di fattura gotica databile al XIV secolo, un sarcofago romano con scena rappresentante sul fronte il trionfo di Bacco ed Arianna e copertura in altorilievo con guerriero Angioino, un quadro rappresentante l’adorazione dei Magi con S. Elena di Andrea Sabatini (l’originale su tavola è conservato nel museo di Capodimonte di Napoli), e un dipinto datato 1725 raffigurante San Gennaro di Francesco Solimena.