La Cripta, che rappresenta il primo passo nella costruzione del Duomo, è accessibile sul lato destro della navata, mediante comode scale oppure da un ingresso indipendente sottoposto su via Roberto il Guiscardo. La Cappella, ad unica aula triabsidata, è collocata al di sotto del transetto e rappresenta il primo esempio nel centro sud Italia. L’aspetto odierno è opera degli architetti Domenico Fontana e del figlio Giulio che hanno trasformato completamente gli ambienti originari romanici, adattandoli al gusto barocco del tempo. Occupa la posizione centrale la tomba di San Matteo, con le sue spoglie mortali, sulla quale erge la statua bifronte bronzea del Santo realizzata da Michelangelo Naccherino nel 1606. La Cripta conserva, le tombe dei Santi Martiri Salernitani Caio, Fortunato, Ante e Felice e le urne di legno e cristallo contenenti i resti dei Santi Vescovi Salernitani S. Bonosio, S. Gaudioso ed altri. L’ambiente si presenta diviso da due file di colonne di spoglio (incorporate in pilastri marmorei policromi) e coperto da volte a crociera interamente decorate dal pittore Belisario Corenzio con stucchi e affreschi realizzati entro il primo decennio del XVII secolo e conclusi nel 1611. Rappresentano le storie del Vangelo secondo San Matteo, il ciclo del martirio dei Santi Caio, Fortunato ed Anthes, e le storie dei Martiri Salernitani (tra cui tre nobili salernitani) che furono decapitati durante il tempo della persecuzione di Diocleziano. Sulle pareti della cripta sono distribuiti alcuni busti in marmo di vescovi ed arcivescovi salernitani, realizzati prevalentemente da Francesco Ragozzino, che onorarono Salerno. Nell’abside principale, nel 1753, fu eretto un altare in marmo voluto dalla Scuola medica Salernitana sul quale sono state collocate le statue in bronzo dei SS. Martiri realizzate da Giovan Domenico Vinaccia nel 1680.