Alle origini dell’attuale cripta, realizzata nel 1968 su progetto dell’Ingegnere Dante Jannicelli di Roma, vi era la cappella dedicata all’Immacolata Concezione, concepita come luogo di sepoltura della nobile famiglia ortonese de Pizzis, che ne deteneva il patronato dal 1253. La volta della cappella, sulla quale poggiava l’altare maggiore della cattedrale, era sorretta da quattro colonne cilindriche in pietra arenaria con capitelli, mentre gli archi delle volte laterali si impostavano su semicapitelli litici sui quali è scolpito l’emblema araldico de Pizzis, oggi conservati nel Museo Diocesano di Ortona insieme alla finestra di epoca angioina con motivi floreali recante la data 1340. Restaurata nel 1937 per volontà dell’Arcivescovo Carbone, fu successivamente distrutta nel 1968 al fine di realizzare una nuova cripta per la sistemazione delle reliquie dell’apostolo Tommaso con un ampio ingresso centrale che focalizza l’attenzione sull’altare-tomba con l’urna in rame dorato lavorato a sbalzo con motivi floreali, realizzata nel 1612 dal pittore ortonese Tommaso Alessandrino con, al centro, l’effigie di San Tommaso, ritratto vestito da pellegrino, con la croce, benedicente. Sull’altare-tomba scende un artistico crocifisso, realizzato nel 1982 dallo scultore ortonese Aldo D’Adamo. Ai lati, la collocazione di alcune lapidi permette di contestualizzare aspetti narrativi legati alle reliquie del santo: la lapide in marmo rosso di Monsignor Boccabarile (1623) ripercorre le vicende del trafugamento delle reliquie di San Tommaso e il loro arrivo a Ortona; la lapide del 1744 che narra la distruzione per mano turca e la lapide commemorativa di Santa Brigida (2006), che descrive il suo arrivo a Ortona per la venerazione del sepolcro di San Tommaso e l’episodio del prodigioso dono della falange di un dito. Dietro l’altare-tomba è stata riadattata la pietra di calcedonio con scritta greca e immagine dell’Apostolo Tommaso, proveniente da Chios insieme alla cassetta contenente le ossa del santo.

La cattedra vescovile marmorea, infine, è stata realizzata nel 1940 dallo scultore ortonese Gildo Ricci.