La cripta venne realizzata in maniera tale che la parte superiore del sacello del santo Sepolcro emergesse e fosse visibile attraverso un’apertura delle volte, nella zona antistante l’abside della chiesa soprastante. Tutto ciò per permettere ai fedeli transitanti in chiesa la visione del sacello e mantenere costante il simbolismo della Passione e della morte di Gesù. Una doppia balaustra di ferro è posta sui margini della profonda apertura.

Il tempietto è simile come orientamento e come forma, a quello di Gerusalemme e custodisce nel tabernacolo pietre trasportate dal pretorio di Pilato, bagnate del sangue di Cristo e qui incastonate in mezzo a due pietre più grandi.

La cancellata di ferro fa da ingresso all’edicola. Nella nicchia di fronte all’altare sono abbastanza visibili, in affresco, un angelo in atto di presentare il Velo alla Veronica in mezzo ai santi Francesco e Bonaventura. Sopra l’architrave della porta d’ingresso poggia un’apertura ottagonale chiusa solo da inferriata. Nella parete opposta un’apertura ad arco, abbellita dal monogramma di Cristo e palme, rende visibile anche l’interno della Basilica superiore. La copertura della riproduzione del S. Sepolcro è a forma di piramide rettangolare con vertice molto basso, nella cui sommità c’è una sfera.

Nelle altre pareti della cripta ci sono altri due altari: a sinistra, nello spazio dell’arco, Dio creatore benedicente con ai lati sole e luna. Sotto, ben visibili, sono le figure di Santa Caterina d’Alessandria, con il libro nella mano sinistra e san Michele arcangelo con la spada e la bilancia.  Attribuibile ad un artista senese del XV secolo (esclusa la lunetta)

A destra della scala una Natività che potrebbe risalire al XIV secolo: Gesù Bambino, avvolto in fasce riposa sopra un grande letto mentre, in primo piano, la Madonna e san Giuseppe sono inginocchiati in atteggiamento di contemplazione e adorazione. Al di là del letto il bue e l’asino. Il Bambino Gesù, la Madonna, s. Giuseppe e gli animali sono ancora perfettamente visibili. Non esistono più le altre figure che si intravedono al di sotto. La Madonna veglia davanti al Bambino avvolto in fasce; s. Giuseppe, un po’ più piccolo della Madonna, riposa seduto.