Un Altare del Sacramento è citato nella visita del 1665 e vi ha sede la confraternita omonima. È separata dal transetto da una piccola balaustra di marmo di vari colori. Le sei colonne, che si alzano isolate dietro l’altare sopra un muro base, danno un tono di originalità ed eleganza alla cappella. Le colonne formano una prima abside dietro la quale, a distanza di quasi due metri, ve ne è una seconda alla quale è addossato il coro che serviva ai fratelli della Società del Sacramento per celebrare le lodi al Signore. L’Altare, di marmo, è collocato con due gradini di accesso nella superficie-presbiterio, sopraelevato dal resto dell’aula.

Salite le scale, nel transetto destro, troviamo collocato il dossale in terracotta invetriata raffigurante la Gloria dell’Eucarestia, opera realizzata per la locale chiesa di San Pietro dell’Olmo, e qui trasferita nel 1881. Dalla scritta presente sulla base sul dossale, sappiamo che alcuni pezzi del dossale tra lo smontaggio e la ricollocazione in cattedrale andarono persi, e vennero rifatti dallo scultore Giovanni Battista Troiani da Villafranca di Verona [ArteCittà]. Al centro è il tabernacolo a forma di tempietto circolare con piedistallo e cupola circondato da angeli, sotto il canopeo sorretto da de angeli; nel catino superiore il Padre Eterno in mezzo ad angeli; a fianco sono due lesene con candelabro per parte, che racchiudono una nicchia vuota e sorreggono due archi concentrici tramezzati da angeli; al centro un disco con ostensorio; all’esterno un festone di foglie e frutta; nel basamento o pedrella, divisa da candelabrotti, al centro Cena del Signore, poi un disco per parte con la Madonna e s. Giovanni evangelista, poi fratelli e sorelle oranti. Iscrizione: “Ven.r pre.br Carolus una cum Societate Sachram.i Corp. Xpi – costruxerunt et elemosin. X.pi fideli.m F.M. Iac.o Beneventan MDXXII”.

Nella parete sinistra della Cappella del Sacramento è posto un dipinto raffigurante la Gloria del Sacramento. In alto l’Ostensorio sorretto da angeli e in basso due santi genuflessi sul gradino. Anche quest’opera è stata realizzata da Vincenzo Chialli nel 1827.

Nelle pareti di fronte, ai lati minori della mensa dell’altare maggiore, ci sono due nicchie dove sono esposte due statue di legno: a sinistra la Madonna del Carmine, a destra la Madonna delle Cerase.

La Madonna del Carmine, anteriore al 1650, di autore ignoto, proveniente dalla chiesa dell’Incarcerata e convento dei pp. Carmelitani fuori Porta Romana, fu trasportata al Sepolcro nel 1815 in occasione della fabbrica del nuovo Seminario. “Di buona fattura del ‘600 … la sua ricca veste dorata dà risalto alle fattezze delicate del volto materno di Maria SS., mentre un mano di colore azzurro tenue, sul quale sono impressi grandi fiori scuri, scende fino ai piedi dopo aver prima formato quasi un rotolo all’altezza della vita. La mano sinistra della Madonna sorregge ai fianchi un bel bambino il quale, abbracciando la mamma, sembra quasi fissare il suo sguardo penetrante anche sopra le generazioni future: la mano destra invece, allungata e protesa in avanti, stringe lo scapolare del Carmelo”.

La Madonna del Fiore (o Madonna del Rosario o Madonna delle Cerase) documentata ai primi del Cinquecento e proveniente dalla Cappella di casa Biondi in S. Agostino. Di questa statua parla Pietro Paolo Biondi nelle sue Memorie storiche (1588): … si dice che gli Antichi di Casa Biondi fecero fare quella statua nella loro Cappella di quell’istesso ceraso ch’era loro. Pure in questo mi riporto a miglior verità, questo dico perché l’ho inteso dire alla mia Ava paterna morta vecchia assai. Ha una sontuosa veste dorata con su dipinti rametti di rose; sulla veste scende un manto azzurro con disegni ornamentali. La mano sinistra della Madonna sorregge il Bambino benedicente con tunica dorata. Nella base la scritta “Flores mei fructus honoris”. Veniva portata in processione il 15 maggio dalla chiesa di S. Agostino fin davanti a S. Maria del Fiore, finite le offerte veniva riportata in S. Agostino.

Nella Cappella della Madonna del Fiore era anche collocato quello che rimane di un antico affresco originariamente sito sulla Porta della Madonna. L’immagine è raffigurata su tufo con intonaco dipinto a fresco. È solo un frammento. Si scorge la testa della Madonna circondata da una aureola e avvolta da un manto, col Bambino nella sinistra la cui testa è circondata da una aureola. Secondo varie fonti e secondo la tradizione popolare, questo frammento faceva parte di una nicchia votiva (parva cellula) in Contrada della Madonna del Fiore; dopo il miracolo del 1166 la contrada fece costruire una cappelletta che inglobò la nicchia (ubi vetus fuerat olim delubrum Sactae Mariae Floris); fu successivamente costruita la chiesa ed annesso convento della Madonna del fiore e sull’altare maggiore fu riportato l’antico affresco e affidato alle cure dei Serviti nel 1467. Con la soppressione del convento e l’abbattimento delle opere, fu nuovamente segato il muro con l’affresco e trasportato in cattedrale nel 1652. Il frammento fu sistemato sull’altare di S. Ermete o della Madonna del Fiore poi, nel 1685 carca, fu creata una cappella della Madonna del Fiore con ingresso dalla navata destra.

Prima del 1970 la lunetta era coperta da una tavola che raffigura la Pietà con gli angeli, attribuita da alcuni a Gerolamo di Benvenuto, senese (1470-1524) da altri a Benvenuto di Giovanni del Guasta (Siena 1436-1509/18). Realizzata su legno, oggi conservata al Palazzo vescovile, era originariamente collocata nella chiesa di Sant’Agostino. È da mettersi in relazione con un’opera del Fogg Art Museum di Cambridg, raffigurante la Madonna in trono tra ss. Agostino, Nicola da Tolentino, Monica, Giovanni battista e angeli su fondo oro. Su fondo colorato nerastro (grotta del Sepolcro, stlizzato nelle rocce drammaticamente nude e taglienti che contornano le figure della composizione) è il Cristo tra quattro angeli: due che sorreggono le braccia del Signore e due oranti a mani giunte [Venturi].