La navata di sinistra è occupata da tre absidiole, oggi murate, che ospitavano gli altari di san Girolamo e del Crocifisso.

Sull’altare del Crocifisso era collocato il Crocifisso datato XVI-XVII secolo.

Una cappella di san Girolamo è menzionata nel 1437 e nel 1473 poi, nel 1532 e nel 1566, è detta anche del Crocifisso. Nel 1584 è intitolata a san Girolamo e appartenente a Vincenzo Verreschi. È ancora citata nel 1622 nella visita pastorale di Tiberio Muti. In quella data è di diritto patronato della famiglia Tassoli, mentre nel 1636 appartiene alla famiglia Primomi [Galeotti]. Il dipinto raffigurante san Girolamo, oggi collocato nella facciata interna, a destra del portale centrale, risale al XVII secolo ed è attribuito a Pietro Papini. La composizione è impostata sulla linea diagonale, tipicamente seicentesca. Il Santo è in ginocchio, a sinistra, coperto da un mantello rosso, in atto di scrivere su un gran libro, ma si ritrae pieno di meraviglia al sopraggiungere dall’alto di un angelo tubicino con manto svolazzante cangiante dal blu all’azzurro. Di discreta qualità, soprattutto nell’intenso e brillante cromatismo mediato dalla lezione d’insieme del Maratta e del Baciccia. Nella impostazione scenica piuttosto ariosa, risente invece di Pietro da Cortona. Il Signorelli, non spiegando su quale fondamento, attribuisce l’opera al viterbese Papini [Pampalone].

Oggi nella parete si può ammirare il quadro del 1472, raffigurante il Redentore benedicente tra i santi Giovanni evangelista Leonardo, Pietro martire e Giovanni battista, oggi nella navata sinistra [Galeotti]. Attribuito già al Mantegna, oggi alcuni ritengono dipinta da Antoniazzo Romano che crebbe alla scuola del grande Melozzo (1435-1494), altri a Girolamo da Cremona. Il prezioso dipinto, portante la data 1472, fu regalato probabilmente dal card. Sèttala, lombardo come Girolamo da Cremona, che in quell’anno venne vescovo a Viterbo [Scriattoli] per la cappella eretta a sue spese e dedicata al Sacramento [Signorelli].

Nella parete di destra è disposto il Fonte battesimale. Pochi anni dopo il prodigio del 1442 fu rinnovato il battistero, risale al 1471 il cottimo per la pregevole opera affidato ai maestri Francesco di Ancona e di Lazzaro da Carrara. Il lavoro costò 200 ducati e ne fece la spesa Niccolò Bussi. Alle notizie di D. Tuccia (p. 101) aggiungasi che con atto del 1473 Antonio di Leonardo da Carrara prestava giuramento per il fratello Lazzaro, carcerato per timore che fuggisse senza aver compiuta l’opera a lui appaltata (prot. 4 Alessio d’Antonio, p. 215) [Signorelli]. Ricorda Niccolò della Tuccia che il marmo “fu condotto per mare insino a Corneto (Tarquinia) poi per li carri insino a Viterbo [Galeotti]. Tre zampe di leone sormontate da tre mensole con scanalature e ornamenti floreali, sorreggono un fusto decorato sul quale poggia l’ampia tazza battesimale la cui superficie è interamente decorata con bassi e alti rilievi che corrono intorno al bordo, lì dove sono rappresentate cornucopie, frutta e fiori. Sulla lastra che chiude il fonte è poggiato un tabernacoletto dalla base triangolare, decorato sulle tre fronti con la figurazione del Battesimo di Cristo, e due santi. Le figure sono inquadrate da lesene con motivi vegetali coronate da capitelli reggenti una multipla trabeazione, sulla quale si pone una cupoletta sormontata dai monti araldici e dalla croce. La conca, in mamo di Carrara, risulta piuttosto pregevole per le raffinate sculture ed intagli. L’artista utilizzò, tuttavia, la base che, assieme al tempietto sovrastante la conca, appartengono ad epoca precedente, raffinato lavoro dei primi del XIV secolo [Pampalone].

Sule parteti di destra e di sinistra sono i quadri di Marco Benefial.