La Cappella dei santi Pietro e Paolo, forse, in passato era collocata in altro luogo. Una cappella di san Paolo si trova nominata nel 1348 e, nel 1389 un’altra intitolata ai santi Pietro e Paolo è ubicata presso l’ingresso a destra ed è ricordata nel 1386 e ancora nel 1417. Nel 1440 papa Eugenio IV Condulmer, unisce la cappella di san Paolo alla fabbriceria di san Lorenzo. Nel 1473 è nominata ancora san Pietro e Paolo e, nel 1487, vi è una cappella di san Pietro presso l’hortium. Nel 1564 viene unita a quella di san Bartolomeo ed è poi nominata ancora dei santi Pietro e Paolo nel 1584. In quello stesso anno è nominata una cappella della Concezione appartenente all’arcidiacono Felice Tignosini che la istituì nel 1588. Quest’ultimo lasciò cento scudi “in ornata et fulci mentis Capp. Conceptionis ubi ad present est Capp. s. Petri et Pauli, in qua adest sepultura ipsius et eius familiae”. Mentre nella visita vescovile del 1622 la cappella dei santi Pietro e Paolo è descritta con immagine della Madonna e altri santi, di recente costruzione “prope portam magnam” a sinistra dell’altare maggiore [Galeotti].

Oggi l’abside di sinistra è l’ unica rimasta delle tre già esistenti, nella curvatura, che sembra affrescata sui primi del Quattrocento, è visibile, benché assai danneggiata, una Madonna in trono, in mezzo ai santi Pietro e Paolo, e pochi altri resti di figure e di decorazioni architettoniche. È il più antico dipinto conservato nella chiesa [A. Scriattoli]. Il volto della Madonna è andato distrutto dai bombardamenti, sulla destra è un residuo della graticola affrescata, simbolo del martirio di san Lorenzo [Galeotti].

Al centro, sul trono, è seduta la Vergine che indossa una veste rosa e mantello turchino; sulla destra tiene il Bambino. Ai lati del trono due angeli. L’immagine oggi non è più visibile, ne resta una foto dal volume dedicato all’ingresso del vescovo Trenta nella Diocesi di Viterbo (1915). A sinistra inquadrato in un arco gotico fiorito, è san Paolo  analogamente, al destra dell’altare, è san Pietro. Ai lati delle figure dei due santi si scorgono altri frammenti di affreschi raffigurati altri santi che è impossibile identificare. Anche in alto, nel catino absidale si trovano due lacerti di affreschi. Sono tra i più antichi dipinti esistenti tutt’oggi nella chiesa. Risalgono all’epoca in cui l’edificio sacro venne abbellito e probabilmente restaurato. Coperti dalla decorazione seicentesca, rimasero sconosciuti fino a quando la Sovrintendenza ai monumenti di Roma e del Lazio non li rimise in luce durante i lavori di restauro del 1916 [Pampalone].

Nella navata era collocato l’altare dei SS. Protogenio e compagni le cui reliquie si trovano nel 1474. L’altare con questo titolo è nominato nel 1261 allorquando si dice che, nelle vicinanze, vi fu sepolto Alessandro IV dei conti di Segni (1254-1261). Nel 1523 viene concesso un legato “in ornamento B. Virginis in Capp. S. Protogenii”. Poi, Ottaviano Spiriti lascia, nel 1553, una somma per acquistare “olio da ardere dì e notte” in onore della Madonna posta sull’Altare. La Cappella è nominata il 19 febbraio 1597 nella sacra visita del vescovo Matteucci, nel 1622 è detta con effige della Madonna dipinta sulla parete ed altare in pietra. Nel 1626 si conferma che il corpo di san Protogenio e compagni erano ivi sepolti. Nel 1636 è di giuspatronato dell’Arte dei Calzolai [Galeotti].

L’altare di san Protogenio, di forma trapezoidale con il lato più corto come base, si allarga in alto con due volute tornanti su se stesse. Al centro, sulla fronte di marmo rosso è un compasso metallico con la croce. Si conclude con un bordo di marmo verde sul quale compare l’iscrizione relativa alle memorie dei santi martiri. L’altare ha una forma gradevole e rispecchia una fattura tipicamente seicentesca tanto nel disegno quanto nell’uso dei marmi clorati [Pampalone]

Oggi sull’altare è posto il dipinto della Madonna della Carbonara, proveniente dalla chiesa della Carbonara, collocata in Duomo intorno al 1927.