Il presbiterio è leggermente rialzato, con abside decorato ai lati da scanni in legno di noce per il coro dei canonici e al centro dal maestoso altare in commesso di marmi policromi da Felice e Loreto Di Cicco di Pescocostanzo. L’altare a tabernacolo in marmi con coppie di paraste a capitelli corinzi, che sorreggono una trabeazione aggettante verso i due lati estremi sorretti dalle colonne, e da cui dipartono due robuste volute laterali, e al centro un medaglione in marmo bianco dove si trova una coppia di putti, reca al centro un arco a tutto sesto, che possiede a incasso la nicchia con la statua del XV secolo della Madonna. Sopra di esso vi è lo stemma del Comune di Lanciano in aggetto. Alla base della balaustra di Crescenzo Trinchese, vi sono quattro Angeli che reggono cornucopie, opera di Francesco Pagano (Napoli ,1695 -1764). I rivestimenti in finto marmo sono stati eseguiti dal comasco Alessandro Terzani, mentre ai lati della cona della statua della Madonna e al di sopra degli scanni del coro sono collocate rispettivamente due allegorie e gli episodi con Salomone e la regina di Saba e Davide e Abigail, realizzate dal seguace di Giacinto Diano, Giuseppangelo Ronzi di Penne nel 1805. Il dipinto con Davide e Abigail attualmente in sede è una replica del 1934 di Francesco de Vincentiis, dato che l’originale di Ronzi fu distrutto da un incendio nel 1933.

La cona è opera del marmoraro Crescenzo Trinchese (doc. 1743-1784) il quel l’8 novembre 1758 si era impegnato a eseguirla per 7000 ducati insieme all’altarino, che ne era parte integrante, e alla balaustra del presbiterio, entro il 1762, sotto la direzione del progettista, il regio Gennaro Campanile. Con il suo spostamento negli anni 1786-1787 dall’originaria cappella al presbiterio, è stata privata dell’altarino poi rimontato, con integrazioni in scagliola, nella Cappella del Sacramento e ha subito modifiche e aggiunte nella parte basamentale.