La chiesa e il convento fanno parte dei beni soppressi in forza della Legge 7 luglio 1866 n.305. Vennero concessi in uso alla Provincia di Trapani con verbale del 7 novembre 1873 e rimasero in usufrutto alla Provincia sino al 1956.  La chiesa venne destinata a sede della Posta centrale, la cosiddetta “Posta vecchia”, sino alla costruzione, nel 1927, del nuovo Palazzo delle Poste.

A causa dei bombardamenti che nel 1943 devastarono il centro storico di Trapani, parte dell’edificio sacro crolla, dove sorgeva l’abside viene creata una nuova strada, l’attuale via Carlo Guida, che separa definitivamente la chiesa dai locali del convento. Anche l’ex convento di San Rocco, pesantemente colpito dai bombardamenti, viene demolito, sulla sua sede sorge un edificio destinato ad ospitare, l’Archivio di Stato di Trapani. La ristrutturazione, terminata nel 1961, ha consentito la ricollocazione dei fondi documentari dell’Archivio di Stato che vi sono rimasti sino agli anni ’90 del Novecento, quando l’archivio è stato trasferito in una nuova sede. I locali, appartenenti all’ex provincia di Trapani sono oggi chiusi. Nello stesso periodo intorno ai resti della chiesa viene costruito, come una sorta di cappotto, un edificio che la nasconde completamente.

Nel 1957 i beni delle Corporazioni religiose soppresse vengono devoluti al Demanio dello Stato con l’Istituzione del Fondo Edifici di Culto. In forza della legge medesima viene autorizzata la concessione dei detti beni ai Comuni e alle Province per giustificati bisogni di adibizione ad uso di scuole, asili, ricoveri, ospedali ed altre opere di beneficenza e pubblica utilità. In quell’anno San Rocco viene adibito ad “Istituto di analisi”.

L’alta navata principale viene tagliata in due, creando ben due piani sopraelevati, le possenti colonne di porfido nascoste da piloni di cemento, l’interno suddiviso in vari locali di piccole dimensioni che ospitarono gli uffici di igiene e profilassi e le stanze per le vaccinazioni. Al piano superiore verranno collocati degli uffici comunali e al secondo piano alcune aule scolastiche.

A seguito del Concordato del 1929 venne data facoltà all’Autorità ecclesiastica di richiedere la retrocessione degli edifici sacri già appartenuti agli Enti ecclesiastici soppressi. L’eventuale retrocessione avrebbe fatto automaticamente decadere le concessioni dei medesimi edifici a qualunque titolo disposte. La Diocesi di Trapani era interessata alla restituzione dell’edificio, avendo già perduto, a causa dei bombardamenti della seconda guerra mondiale e della successiva ricostruzione, le chiese ex conventuali di Santa Elisabetta e dei Crociferi, sui cui fabbricati erano state costruite delle scuole. Dopo varie difficoltà la retrocessione avviene in data 19 agosto 1959 per la cifra di 22 milioni di Lire. Nel verbale si legge che «l’autorità ecclesiastica non riceve in consegna alcun oggetto sacro o suppellettile inerente al culto, essendone la chiesa, come è noto, sprovvista. Si richiede di sapere la sorte dei beni mobili». La Provincia fa sapere che i predetti beni non sono mai pervenuti in suo possesso. Risulta che la chiesa, dal momento della soppressione sino al marzo 1878, data della sua destinazione ad ufficio delle Poste, non è mai stata officiata, cosa che fa presumere che gli arredi sacri, temporaneamente rimasti in deposito presso la chiesa, siano stati asportati all’atto della destinazione dell’immobile a pubblico ufficio.

Pertanto di tutto ciò che arricchiva e abbelliva l’antica chiesa di San Rocco oggi, a parte i due dipinti custoditi al Museo Pepoli, resta solo un’antica statua lignea di San Rocco.

Tra il 2010 e il 2012, l’operazione di restauro ha finalmente reso leggibile la struttura dell’antica chiesa e le successive stratificazioni architettoniche. Il tetto è quello degli anni ’60 ma una parte è stata sostituita da un vetro per rendere leggibile l’originaria estensione della navata della chiesa. Durante i restauri infatti sono venute fuori le antiche colonne ed è possibile ammirare gli antichi archi settecenteschi delle due navate laterali attaccati ai capitelli che spuntano dal pavimento, creando in questo modo una galleria visiva di grande suggestione e una rarefatta atmosfera di sospensione.