Gli orientamenti della Chiesa cattolica emersi nel quadro della Controriforma aprono una stagione di importanti iniziative da parte della Curia pontificia, con il coinvolgimento delle diocesi, nell’ambito del controllo della circolazione dei libri. Già nel 1558 Paolo IV aveva promulgato un primo elenco di libri e autori proibiti, redatto dai cardinali della Congregazione del Sant’Uffizio, ripubblicato nel 1559 con una Instructio riguardante i compiti degli inquisitori locali su varie materie (licenze di lettura, confische e sequestri di libri suspecti). Durante la XXV sessione del Concilio di Trento, Pio IV approva un nuovo Index librorum prohibitorum, che trova ben più ampia applicazione del precedente indice paolino. Nel 1572, con la bolla Ut pestiferarum opinionum, Gregorio XIII istituisce una commissione cardinalizia, distinta dal Sant’Uffizio, per la revisione dell’Indice tridentino: la Congregazione dell’Indice. Il lungo dibattito formatosi all’interno della commissione pontificia ha come esito, nel 1596, una nuova edizione dell’Index librorum prohibitorum promulgata da Clemente VIII, accompagnata da una serie di norme riguardanti le competenze congiunte degli ordinari diocesani e degli inquisitori locali sul controllo preventivo e a posteriori (con eventuale censura o espurgazione) dei testi stampati. Per garantire l’esecuzione uniforme delle norme dell’Indice clementino, la Congregazione dell’Indice promuove un’inchiesta di grande portata presso gli ordini regolari (compiutasi negli anni 1598-1603), finalizzata a conoscere il contenuto delle biblioteche personali e comuni presenti in ciascun convento. A tal fine, i responsabili generali e provinciali di tutti gli ordini monastici ricevono un invito a consegnare, entro il termine perentorio di quattro mesi, gli elenchi completi dei libri posseduti, indicandone per ciascuno autore, titolo, luogo di pubblicazione, nome del tipografo, anno di stampa e formato. L’enorme mole di materiale documentario consegnato alla Congregazione (circa un milione di esemplari complessivamente dichiarati) costituisce un’istantanea preziosissima per la ricostruzione storica delle biblioteche claustrali, configurandosi di fatto come la più imponente bibliografia relativa al patrimonio librario delle comunità religiose italiane. Tale patrimonio è oggi conservato presso la Biblioteca apostolica vaticana (mss. Vat. Lat. 11266-11326), la quale ne cura anche la divulgazione tramite il proprio portale Internet, attraverso copie digitali ottenute da microfilm. La documentazione è pervenuta alla Biblioteca con un trasferimento ordinato da Benedetto XV subito dopo la soppressione della Congregazione dell’Indice, avvenuta nel 1917.