L’ultima notte di Passione Don Beotti la trascorse in preghiera insieme a don Francesco Delnevo, Parroco di Porcigatone e al giovane chierico Italo Subacchi, ospiti nella canonica di Sidolo. 

Per don Beotti e i due confratelli, la giornata del 20 luglio iniziò con la celebrazione della messa. Nella tarda mattinata il paese venne invaso dai soldati tedeschi, che piombarono senza tanti complimenti nelle case della gente col mitra spianato.

Don Beotti, presagendo la fine, nonostante l’insistenza di Savina a fuggire o almeno a nascondersi, candidamente si rivolse alla sorella dichiarando: “Sarebbe bella che adesso, proprio nel momento del pericolo, io me ne fuggissi, ne sentirei rimorso se facessi questo; allora dove sarebbe il mio coraggio? Questo è il momento di dimostrare coi fatti ciò che ho promesso con le parole”. La sorella lo incalzò chiedendogli: “Ma che cosa ti faranno?”. Don Beotti, per tranquillizzarla, col sorriso sulle labbra, rispose: “Che cosa hai paura che mi facciano! Se vogliono fare delle cose ingiuste beh…, ma se vogliono andare per il giusto io mi sento tranquillo, capiti quel che capiti, rimango al mio posto. Sono pronto!”.

Uno degli ufficiali nazisti insediati nel comando di Bardi dichiarando “Uccideremo tutti i pastori”, mise in atto quel disegno, accusando don Beotti di aver accolto e salvato un centinaio di ebrei in fuga dai territori slavi, e quindi andava eliminato.

All’una del pomeriggio i tre religiosi vennero condotti in una zona, fuori paese, detta “Di là del rio”, ed allineati al muro di sostegno della strada; continuò l’interrogatorio fino a quando giunse l’ordine perentorio di fucilazione.

I due sacerdoti ed il seminarista compresero subito che era l’inizio della fine: si scambiarono l’assoluzione e si abbracciarono. Dopo qualche istante partirono le prime raffiche di mitra e in un istante caddero a terra crivellati di colpi. “Consummatum est”: erano le 16.15 del 20 luglio 1944.

Don Beotti aveva nella mano sinistra il breviario e la destra alla fronte, nell’atto di fare il segno della croce. I due sacerdoti morirono all’istante mentre per il seminarista Subacchi l’agonia si protrasse per qualche ora.

La salma di Don Beotti fu sepolta nel cimitero di idolo, solo in seguito traslata in quello di Gragnano Trebbiense.

Si salvò la sorella di Don Beotti, Savina, che era rimasta sola in canonica, dove viveva con Don Giuseppe e praticava le stesse opere di generosità e aiuto verso i bisognosi. Una grande donna che anche negli anni successivi della sua vita (morirà nel 1977) a Gragnano Trebbiense, fece attivamente parte della comunità cristiana.