Terzogenito di Luigi Scalabrini e di Colomba Trombetta, ebbe tre fratelli e altrettante sorelle.

Dal 1851 al 1857 frequentò gli studi classici nel Ginnasio Liceo “A. Volta” di Como. Negli anni 1859-1860 nel Collegio “Gallio” ricoprì l’ufficio di Prefetto, in compagnia di Luigi Guanella, di tre anni più giovane di lui, oggi santo.

Dopo il liceo si approcciò agli studi filosofici presso il Seminario di S. Abbondio (di cui fu rettore dal 1867) e a quelli di teologia presso il Seminario Maggiore in Como. Ricevuta l’ordinazione diaconale il 20 settembre 1862, divenne sacerdote il 30 maggio 1863 a 24 anni.

Insegnante nel Seminario citato, vi ricoprì negli anni 1868-1870 la carica di vicerettore e poi di rettore. A questi anni risale la sua grande amicizia che avrà un posto rilevante nella vita e nell’opera di entrambi, con il vescovo Geremia Bonomelli. Questi, allora prevosto a Lovere, era stato invitato a predicare un corso di Esercizi spirituali nel Seminario di Como.

Il 12 maggio 1870 Scalabrini venne nominato parroco priore di San Bartolomeo a Como, dove sviluppò l’attività pastorale elaborando e pubblicando successivamente Il catechismo cattolico e il Piccolo catechismo per gli asili d’infanzia (1875).

Fu eletto da Papa Pio IX vescovo di Piacenza a 36 anni, consacrato a Roma il 30 gennaio 1876; il 13 febbraio dello stesso anno prese possesso della diocesi.

Per la nomina “… la gioia dei Piacentini fu grande, non tanto per avere così presto un Vescovo, quanto per avere a Vescovo Mons. Scalabrini, la cui fama, specialmente, dopo la pubblicazione delle Conferenze sul Concilio Vaticano, aveva già sorpassati i confini della Diocesi di S. Abondio”.

Ecco come lo stesso Scalabrini, ventott’anni dopo, narra la notizia della sua nomina episcopale a un Redattore del giornale torinese ‘La Stampa’:” Io ero allora Priore di S. Bartolomeo a Como, ed un mattino stavo nella mia chiesa, quando vidi entrare un canonico sconosciuto (il canonico D. Davide Celli della Cattedrale), che mi si avvicinò con grandi atti di ossequio. Gli chiesi se volesse dir Messa, ma egli mi rispose che l’aveva già detta e ch’era venuto per rendere omaggi al suo Vescovo, vale a dire a me nominato vescovo di Piacenza. Io caddi dalle nuvole e non voleva prestar fede all’annunzio, anzi lo pregai di venire a ristorarsi in casa mia, ma di ripartire subito immediatamente, perché non desideravo che quella voce sorprendente si divulgasse. Egli fece così, ma nello stesso giorno mi arrivava una lettera da Roma con la notizia ufficiale della nomina”.

Morì il 1º giugno 1905 a Piacenza. In quell’anno gli fu costruito il monumento marmoreo posto nel transetto destro del duomo, compiuto da Alessandro Monti per la parte architettonica ed Annibale Monti per quella figurata.

Nella parte inferiore un’arca marmorea reca nel fronte un bassorilievo che raffigura il viaggio del vescovo in America, tra i migranti.

Alle estremità entro nicchie due figure femminili; nella parte superiore il plinto soprastante la copertura sorregge il busto-ritratto del santo vescovo. Funge da sfondo al monumento un elemento architettonico definito da colonnine che sorreggono la trabeazione con timpano triangolare al centro del quale campeggia lo stemma del prelato.

Il 9 novembre 1997 Papa Giovanni Paolo II ha proclamato beato il vescovo servo di Dio Mons. Giovanni Battista Scalabrini ed il 9 ottobre 2022 Papa Francesco lo ha proclamato Santo.