Nel trentennio in cui Scalabrini fu vescovo di Piacenza circa 8 milioni di italiani furono costretti a lasciare la patria.

Depredati dei risparmi per le spese di viaggio, stipati nelle stive malsane delle navi e spesso sfruttati con contratti di schiavitù una volta giunti a destinazione.

Scalabrini, che aveva già conosciuto il fenomeno durante le visite pastorali  alle parrocchie della sua diocesi, trovandosi un giorno a Milano nei pressi della stazione rimase profondamente turbato vedendo una folla di povera gente in partenza verso l’estero.

Egli stesso nell’opuscolo “L’emigrazione italiana in America” racconta: “Chi sa qual cumulo di sciagure e di privazioni fa loro parer dolce un passo tanto doloroso! …Quanti disinganni, quanti nuovi dolori preparava loro l’incerto avvenire? …Quanti, pur trovando il pane del corpo verranno a mancare di quello dell’anima, non meno del primo necessario e smarriranno, in una vita tutta materiale, la fede dei padri?…Di fronte ad uno stato di cose così lacrimevole… mi sento umiliato nella mia qualità di sacerdote e di italiano e mi chiedo: Come venir loro in aiuto?”

Scalabrini affronta il problema sia sul piano delle realizzazioni concrete, sia come riflessione cristiana, sia sul piano di una proposta concreta di legislazione dello stato. Lo sentiva come un problema sociale ma anche come occasione per una concreta collaborazione tra chiesa e stato, come un pericolo per la perdita della fede dei migranti, ma anche come possibilità di evangelizzare altri paesi.

Nel 1887 (anno di pubblicazione dell’opuscolo) egli fonda la Congregazione dei Missionari di San Carlo per l’assistenza agli emigrati italiani e l’anno successivo interviene con forza nel dibattito nazionale sull’emigrazione con un altro testo, “Disegno di legge sull’emigrazione italiana”.

Nel 1889 fondò una associazione laica, che in seguito prese il nome di “Società San Raffaele” e fondò comitati in diverse città, in particolare in quelle di mare. Essa promosse l’assistenza religiosa e sanitaria ai migranti durante il viaggio, aprì scuole per il mantenimento della cultura italiana e assicurò assistenza legale, una serie di iniziative che aiutavano gli emigrati a superare le difficoltà iniziali.

Instancabile, tiene conferenze in molte città d’Italia per mobilitare l’opinione pubblica sui temi dell’emigrazione e nel 1895 fonda la Congregazione delle Suore Missionarie di San Carlo.

Compie egli stesso due viaggi, negli Stati Uniti e in Brasile, visitando le comunità italiane e i suoi Missionari.

Poco prima della morte chiede che presso la Santa Sede, sia creata una Commissione Centrale per gli emigrati cattolici di tutte le nazionalità con queste parole: “non più soppressioni di popoli, ma fusioni, adattamenti nei quali le diverse nazionalità si incontrano, si incrociano, si ritemprano e danno origine ad altri popoli, nei quali, pure nella dissomiglianza, predominano caratteri determinati e determinate tendenze religiose e civili…” e si domanda: “ A cosa servirebbe inviare missionari nel mondo per diffondere la fede cristiana tra gli infedeli, se poi non ci preoccupassimo dei milioni di migranti cristiani, che già possiedono questa fede ma rischiano di perderla, perché abbandonati a se stessi?”