La chiesa di San Francesco, che custodisce il Miracolo Eucaristico, venne edificata nel XIII secolo sull’area di un preesistente monastero benedettino sorto a sua volta sulle strutture di un cenobio affidato, intorno al 750 d.C. ad una comunità di monaci Basiliani, religiosi cattolici di rito greco.
Recenti scavi hanno permesso di recuperare nell’area diversi resti di epoca romana che hanno quindi confermato l’antichità dell’insediamento.
La facciata di pietra, nella quale si apre il lineare portale gotico,  è coronata da elementi di spoglio provenienti dalla cappella di Sant’Angelo dei Lombardi, demolita all’inizio dell’’800.
L’interno, similmente a quanto accaduto in altre chiese cittadine, venne decorato nella prima metà del ’700.
I recenti restauri hanno recuperato un’aula pervasa da un luminoso chiarore nel quale emergono l’organo monumentale, dono di Clemente XIV, e il pergamo realizzati tra il 1769 e il 1774 da Modesto Salvini di Orsogna.
Le pitture delle volte, dedicate a tre eroine bibliche, Giuditta, Rachele e Ester, furono realizzate dal pittore teatino Donato Teodoro.
Del complesso monumentale fanno parte gli ambienti al piano sottostante con i resti dell’antica chiesa dedicata a San Longino e la vasta cappella con raffigurate le scene dell’Apocalisse tratte dalla narrazione di Jacopo da Varagine nella Legenda Aurea.
Le reliquie del Miracolo Eucaristico, che originariamente erano conservate all’interno del campanile, nella cosìddetta “cappella oscura”, furono traslate nel 1637 nell’ultimo altare sulla destra, già di patronato della famiglia Valsecca e dal 1902 collocate sull’altare maggiore, in un tempietto marmoreo progettato dall’ing. Filippo Sargiacomo, nel quale è possibile contemplare il pregevole ostensorio in argento dono del lancianese Domenico Coli, realizzato nel 1713 da un argentiere napoletano.
I Frati Francescani tornarono a risiedere stabilmente presso l’antico convento dal 1952 riprendendo a custodire le reliquie del Miracolo Eucaristico di Lanciano che è tra i più antichi riconosciuti dalla Chiesa Cattolica.