Occupa il lato meridionale della Piazza Quaranta  Martiri, e venne eretta nel 1255 presso il fondaco degli Spadalonga, che avrebbero accolto e vestito san Francesco in fuga da Assisi. La chiesa è una struttura a tre navate con volte a crociera. È una costruzione ogivale  con semplice facciata incompiuta, ornata da un portale gotico, da una cornice ad archetti e da un piccolo rosone proveniente dalla chiesa di San Francesco di Foligno. Ha tre absidi poligonali, originarie  e rafforzate da paraste agli spigoli, ornate da monofore. Il primo altare a destra è decorato con la pala con l’Immacolata Concezione di Antonio Gherardi; il secondo con il Crocifisso e santi francescani della scuola di Virgilio Nucci e il terzo con una Deposizione, copia del quadro di Daniele da Volterra (a Roma nella chiesa di Trinità dei Monti) eseguita dallo stesso Nucci. La cappella di San Francesco , nell’abside, conserva un breve lacerto di muro che la tradizione attribuisce all’antico fondaco degli Spadalonga.