Le reliquie di San Fortunato appartengono a quelle che Giovanni Battista Cavagna raccolse nelle catacombe romane, molto probabilmente quelle di San Sebastiano e San Callisto, e che il vescovo Carlo Bascapè destinò alla venerazione in alcune chiese della diocesi. Alla collegiata di San Bartolomeo di Borgomanero, toccarono quelle di Fortunato.

I resti del presunto martire giunsero a Borgomanero all’interno di una cassettina di piombo e che, a sua volta, venne inserita nell’ara di pietra che costituiva la base dell’antico altare maggiore. La solenne cerimonia ebbe luogo il 14 dicembre 1614, giorno che venne scelto come ricorrenza annuale da celebrarsi ad onore del santo, dichiarato protettore della comunità insieme all’apostolo cui è dedicata la chiesa. Le reliquie furono oggetto di diverse ricognizioni lungo i secoli, ma soltanto nel 1884 esse vennero inserite in una figura in ceroplastica, realizzata dal laboratorio Scevola di Roma, rappresentante il santo giacente, che meglio appagava la devozione dei fedeli.

In questa forma tutt’ora è visibile il corposanto, collocato all’interno di un vano sopra all’altare che, era a dedicato allo Spirito Santo e venne poi detto di San Fortunato. Attualmente nella nicchia sovrastante l’urna vi è una recente statua di San Francesco d’Assisi e, ancor più in alto, una tela raffigurante San Francesco Saverio. L’antica arca di serizzo è ora collocata, con la mensa dell’altare maggiore sotto cui si trovava, in un vano a sinistra dell’entrata, documentando così la prima sistemazione del corposanto giunto da Roma.

Nella cappella a sinistra del presbiterio, già sede della Confraternita del Santissimo Sacramento, e proveniente dall’altare del santo, è appeso un quadro ottocentesco dipinto dal pittore Michele Cusa, che rappresenta il suo creduto martirio, immaginando che sia avvenuto per decapitazione. Una statua di San Fortunato in cotto è invece inserita nella nicchia a destra dell’ingresso principale della chiesa, sopra al quale, nell’iscrizione dedicatoria del tempio, il suo nome compare dopo quello di San Bartolomeo. I due santi sono inoltre ritratti entrambi accanto della Madonna con Bambino su un lato dello stendardo processionale del Santissimo Sacramento.