La chiesa sembra sia stata edificata agli inizi del 1500 dalla famiglia Guerrera, attigua all’antica “memoria” addossata al carcere dove la tradizione vuole che san Pietro abbia visitato la giovane Agata, per sanarle il seno straziato dalle torture. Divenuta troppo piccola per accogliere i numerosi pellegrini attratti dalla gloria della Santa, l’edificio cinquecentesco fu ingrandito verso levante. I gravi danni causati dal terremoto del 1693, imposero la ricostruzione della chiesa intorno al 1760. Dopo il 1762 l’architetto Francesco Battaglia eseguì l’inclusione nel prospetto principale dell’antico portone d’ingresso in stile romanico (XIII secolo) proveniente dal Duomo di Catania. All’interno è custodita la tavola di Bernardino Niger raffigurante Sant’Agata condotta al martirio (1558).

Nella parete destra dell’aula una porticina introduce nell’angusto carcere, tappa d’obbligo dell’itinerario agatino. In questo ambiente particolarmente suggestivo è inevitabile ripercorrere col pensiero, anche se per brevi istanti, gli ultimi momenti di vita della giovane Agata, il cui corpo straziato dai suoi tormentatori era stato reso simile alle gloriose piaghe di Cristo.