Secondo lo storico Giovan Francesco Pugnatore, che alla fine del XVI secolo scrisse una dettagliata storia di Trapani, un’antica chiesetta dedicata alla santa venne eretta intorno al 1290 su un’isolotto di fronte al porto formata da materiale di riporto, meglio noto oggi come il Ronciglio e precedentemente con il nome di isola di Santa Margherita, come ex voto per la liberazione del porto da un pescecane che ne infestava le acque.

Santa Margherita, martire del III sec., era ritenuta la protettrice contro le fiere rapaci e velenose; la sua iconografia, infatti, oltre alla palma simbolo del martirio e la croce contempla la presenza di un mostro tenuto alla catena, un drago o talvolta un mostro marino. Secondo la leggenda, durante la prigionia, le apparve il demonio sotto forma di drago e lei lo sconfisse sollevando la croce.

La chiesetta, troppo esposta, fu rasa al suolo per ordine del Duca d’Alba Viceré di Sicilia per paura che potesse essere occupata dai pirati e minacciare la città di Trapani. Il culto di santa Margherita, conosciuta anche col nome di santa Marina, era molto diffuso nel territorio trapanese. Lo dimostrano alcuni toponimi come la precedentemente citata isola di Santa Margherita, la baia di Santa Margherita tra Makari e San Vito Lo Capo, l’eremitaggio di Santa Margherita a Castellammare del Golfo e il nome Margarita spesso riscontrato negli alfabeti dei battezzati tra XVI e XVII secolo.

Per quanto riguarda la chiesetta di Santa Margherita dentro le mura, di probabile fondazione quattrocentesca, le prime notizie si hanno a partire dal 3 agosto del 1456, data dell’atto notarile in cui viene stabilita la divisione dei diritti di patronato del beneficio tra Jacopo Pipi e Jacopo de Cosentino. Alla chiesa erano legate varie rendite, tra cui una parecchiata di terre in contrada detta del Bosco, che passarono alle famiglie Visconti e Vento-Milo. Nel 1771 la chiesetta viene affidata alla congregazione di San Generoso che a Trapani riuniva i servitori delle famiglie nobili, cocchieri e carrettieri, acquisendo la titolarità del santo. Essa si trovava nella via denominata degli Orfani, in quanto lungo la strada sorgevano reclusori e orfanotrofi per l’assistenza ai bambini abbandonati.

Si trovava in stato di completo abbandono e in condizioni inadatte al culto a seguito di un incendio subito all’inizio del 1950. Il Cardinale Ernesto Ruffini nella sua qualità di Amministratore Apostolico sciolse la ormai inesistente congregazione dei Cocchieri e la affidò come sede al Terz’ordine femminile dei Cappuccini. La chiesa era ancora consacrata, titolari ne erano San Generoso Martire e Santa Caterina Martire di cui esistevano i rispettivi quadri in pittura ad olio.

Nell’inventario redatto nel 1952, in occasione del passaggio al Terz’ordine femminile dei Cappuccini, la chiesa viene descritta nelle sue dimensioni, metri 11 per 4, e indicata come di proprietà del ceto dei cocchieri, camerieri e autisti.

All’interno vi era un solo altare un tempo dedicato a santa Margherita.  In una giuliana del 1834  si menzionava  un «quatrone di S.ta Margarita Vergine e Martire», opera citata anche dal frate agostiniano scalzo Benigno di Santa Caterina, autore di Trapani sacra, storia religiosa della città, manoscritto conservato presso la Biblioteca Fardelliana di Trapani. Egli indica «un solo altare con un bellissimo quadro della Santa». Di tale opera si sono perse le tracce.

Un’ interessante raffigurazione di santa Margherita è visibile in un riquadro del polittico raffigurante la Madonna in trono con il Bambino che incorona santa Caterina d’Alessandria e altri santi del cosiddetto “Maestro del Polittico di Trapani” custodito presso il Museo Regionale Agostino Pepoli, opera proveniente dall’oratorio della Compagnia di Sant’ Antonio Abate cui era affidata la cura dell’antico Ospedale di Sant’ Antonio.

Oggi la chiesetta, ormai sconsacrata e spoglia, è chiusa e inaccessibile.