Col titolo della Natività di S. Giovanni Battista si dice istituita da Onofrio di Tuccio Fajani alla cui famiglia spettava il giuspatronato e sita dietro al pulpito. L’altare dedicato al Precursore di Cristo fu riconsacrato nel 1497 [Signorelli].

Nel 1578 la cappella viene affrescata per scudi 40 da Cesare Perini d’Amelia detto Gidio con La decollazione del Battista [Signorelli]. All’interno di un carcere è rappresentato il Santo inginocchiato al centro, coperto di pelli caprine. Il manigoldo sulla destra si accinge a sguainare la spada dal fodero per martirizzare il Santo. Dalla sinistra avanza una figura femminile con vassoio tra le mani. È vestita in abito bianco e giallo con manto rosso. Dall’alto scendono due angeli che recano la corona e la palma del martirio. Nel cartiglio “Ecce Agnus Dei”. Dipinto efficace nelle tinte e disinvolto nella composizione. L’attribuzione al Papini è fatta da Mario Signorelli (1965) il quale deve aver trovato qualche documento relativo all’artista e all’ubicazione originaria del quadro altrimenti mai citato come proveniente da S. Maria della Ginestra. Inoltre il nome stesso dell’artista non figura in nessun dizionario o repertorio di artisti. È un pittore, comunque, educato alla scuola dell’Italia centrale, non esente da esperienze o suggerimenti bolognesi [Pampalone].  Il dipinto è oggi collocato nella parete destra, alle spalle del Fonte battesimale.

Oggi occupa la cappella una Pietà proveniente dalla chiesa di Sant’Ignazio.