La chiesa fu consacrata nel 1591 ed eretta dalla confraternita di San Giovanni Decollato o dei Neri. È stata restaurata al suo interno e non ha più lo stile rinascimentale originale. Era decorata da vari quadri e ornati a stucco. Ricordiamo in particolare: San Giovanni Decollato di Bernardino Brozzi, Ecce homo del Brunori e una serie di piccoli quadri con Storie di San Giovanni Decollato attribuiti a Felice Damiani e Virgilio Nucci.